En 1985, Fitzgerald fue hospitalizada brevemente por problemas respiratorios; en 1986, por insuficiencia cardíaca congestiva, y en 1990 por agotamiento.[9] En 1987, como homenaje por sus 70 años de edad, la famosa cantante francesa France Gall le dedicó la canción Ella, elle l'a ("Ella, ella lo tiene"), que fue un éxito musical. En 1993, Ella tuvo que sufrir la amputación de ambas piernas por debajo de la rodilla debido a los efectos de la diabetes. Su vista se vio afectada también.

En 1996, cansada de estar en el hospital, Ella quería pasar sus últimos días en casa. Confinada a una silla de ruedas, pasó sus últimos días en el patio trasero de su mansión de Beverly Hills en Whittier, con su hijo Ray y su nieta, Alice, de 12 años de edad. "Sólo quiero oler el aire, escuchar a los pájaros y escuchar reír a Alice," le habría dicho. En su último día, fue llevada fuera por última vez y se sentó allí durante aproximadamente una hora. Cuando se la llevaron de nuevo, Ella alzó la vista con una suave sonrisa en su rostro y dijo: "Estoy lista para irme ahora." Ella murió en su casa el 15 de junio de 1996 a la edad de 79 años. Pocas horas después de su muerte, el Festival de Jazz de Playboy se puso en camino en el Hollywood Bowl. En homenaje, la marquesina decía: "Ella te echaremos de menos". Su funeral fue privado, y fue sepultada en Inglewood Park Cemetery en Los Angeles.